La Federación esta dirigida y administrada por una Junta Directiva compuesta por un presidente, dos vicepresidentes, un secretario de actas, un prosecretario, un tesorero, un protesorero y seis vocales. Además de cuatro suplentes que reemplazan a los miembros titulares ausentes. Los miembros de la Junta Directiva son elegidos por el término de dos años por mitades en Asamblea General constituida por los delegados de las iglesias y entidades afiliadas.

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